С 2004 по 2006 годы - исполнительный директор, а с 2007 года - директор конкурса «Премия Рунета».

С 2005 года по настоящее время - координатор Программных комитетов ряда крупнейших отраслевых конфереционных мероприятий, включая Российский Интернет Форум (РИФ), Russian Interactive Week (RIW) и др.

С 2005 по 2007 годы - заместитель исполнительного директора Регионального общественного центра интернет-технологий (РОЦИТ - www.rocit.ru) - старейшей общественной организации, занимающейся экспертизой, популяризацией и развитием ИКТ-сегмента в Российской Федерации, представлением интересов интернет-пользователей.

В 2007 году избран исполнительным директором РОЦИТ.

С 2005 года - идеолог и создания Ассоциации электронных коммуникаций (ww.raec.ru), представляющей интересы российских интернет-игроков.

С 2006 - первый заместитель генерального директора НП «РАЭК».

В 2011-2013 годах - член Совета Координационного центра национальных доменов сети Интернет RU/РФ (www.cttld.ru).

С 2010 года по настоящее время - директор Ассоциации электронных коммуникаций (НП «РАЭК»).

Сергей Плуготаренко - признанный эксперт российской интернет-отрасли. В качестве директора РАЭК представляет интересы российского интернет-бизнеса, способствует обеспечению максимально продуктивного диалога между государством, обществом и интернет-отраслью.

Был признан «Человеком года» по версии интернет-награды «РОТОР 2009». Является идеологом и программным директором российских интернет-конференций, форумов и наград Рунета: Российский Интернет Форум (РИФ+КИБ), Всероссийский Интернет-Марафон, Russian Internet / Interactive Week (RIW), Премия Рунета и др., а также является идеологом ряда исследовательских и аналитических продуктов, среди которых исследование «Экономика Рунета», ежегодный отраслевой отчет «Рунет сегодня: события, цифры, факты») и т.д.

Участвует в качестве эксперта в работе профильных отраслевых и государственных комиссий, рабочих групп, общественных и экспертных советов при органах государственной власти (Госдума РФ, Совет Федерации РФ, Минкомсвязь России,