Родился в городе Новороссийске.

В 1982 году - окончил физико-математическую школу-интернат имени А.Н.Колмогорова при МГУ.

В 1987 г. - окончил Институт криптографии, связи и информатики (в настоящее время - структурное подразделение Академии ФСБ России), где помимо математики и криптографии изучал компьютерные технологии.

После окончания учебы по распределению попал в многопрофильный научно‑исследовательский институт при Министерстве обороны, где проработал до 1991 г.

Здесь же начал изучение феномена компьютерных вирусов, в октябре 1989 г. впервые обнаружив на своем рабочем компьютере вирус «Cascade», разобрав его и создав первое в своей жизни компьютерное противоядие. Стал коллекционировать вредоносные программы, создавая к ним лечащие модули. Именно эта экзотическая коллекция позднее легла в основу знаменитой антивирусной базы Антивируса Касперского. В настоящее время она насчитывает более 4 млн. записей и является одной из наиболее полных в мире.

В 1991 г. - начал работу в компании «КАМИ», где вместе с группой единомышленников развивал антивирусный проект «Antiviral Toolkit Pro» («AVP»), прототип будущего Антивируса Касперского.

Первое международное признание проекта пришло в 1994 г. «AVP», еще мало кому известный на западе, впервые был протестирован тестовой лабораторией Гамбургского университета и показал лучший результат, превзойдя по качеству обнаружения вирусов все популярные антивирусные программы.

В 1997 г. - вместе с коллегами принял решение создать независимую компанию и стал одним из основателей «Лаборатории Касперского». С этого момента Евгений Касперский — бессменный руководитель антивирусных исследований компании.

С 2007 г. - является генеральным директором «Лаборатории Касперского».

Член Общественной палаты РФ.