Родился в 1960 году. Детские и школьные годы Эдуарда Юрьевича Худайнатова прошли в городе Чимкенте Казахской ССР. 

Во второй половине 1970-х годов получил аттестат о среднем общем образовании. Тогда же началась его трудовая биография. Первым местом работы стал совхоз имени Орджоникидзе, находившийся в окрестностях Одессы. 

В 1978 году Худайнатов Эдуард Юрьевич был призван на военную службу в Вооруженные Силы СССР. Его распределили в морские подразделения пограничных войск. Демобилизовался в звании старшины первой статьи. 

В 1981 году Эдуард Худайнатов принял решение переехать в Нефтеюганск, где устроился рабочим на монтаж буровых установок. До 1985 года трудился в качестве монтажника вышек третьего разряда. 

В 1985 году Худайнатов Эдуард снова переехал. На этот раз в Сургут, где прошел путь от грузчика до мастера в сургутском подразделении Миннефтегазстроя.

К концу 1980-х годов накопил достаточно финансовых средств для реализации первой бизнес-инициативы — создания фермерского хозяйства, которое специализировалось на производстве мясной продукции и молочных изделий.

В первой половине 1990-х годов Эдуард Юрьевич Худайнатов возглавлял три компании, охватывающие разные сферы бизнеса. Одна из них занималась разработкой нефтегазовых месторождений в регионе, другая специализировалась на импорте и поставках дефицитных товаров в северные районы страны.

В 1996 году получил первый из двух дипломов о высшем образовании, окончив МАП. Тогда Эдуарду Худайнатову предложили должность первого замглавы Нефтеюганского района. Одновременно ему было доверено руководство администрацией Пойковского — поселка городского типа. При нем был отремонтирован жилой фонд, обновилась улично-дорожная сеть, увеличилось число зеленых зон.

В период с 1997 года по 2001 год занялся политической карьерой. Эдуард Юрьевич Худайнатов был депутатом облдумы Тюмени. В этот период учился на юриста в ТюмГУ, диплом защитил в 2000 году. 

С 2000 года по 2003 год работал фединспектором в структуре аппарата полномочного представителя главы государства в СЗФО, курировал НАО. 

В 2003 году Эдуард Худайнатов сместил фокус своей деятельности с политики на нефтегазовый сектор. Начал работу в «дочке» «Газпрома», руководил освоением Южно-Русского месторождения, ключевого для проекта «Северный поток».

В 2008 году перешел в «Роснефть», заняв сначала место вице-президента, а затем — президента компании. Худайнатов Эдуард Юрьевич курировал ряд крупных проектов, в том числе разработку Ванкорской группы месторождений.

В 2012 году основал «Независимую нефтегазовую компанию». Согласно стратегии, которую разработал Эдуард Худайнатов, ННК искала и приобретала перспективные активы, занимающиеся геологической разведкой. Для расширения перерабатывающих мощностей был куплен Хабаровский НПЗ, который впоследствии стал важнейшим звеном ННК. 

Сегодня ННК Худайнатова Эдуарда Юрьевича — предприятие энергетического сектора. Компания фокусируется на полном цикле нефтегазовой деятельности, охватывая все ключевые этапы — от геологоразведки до реализации конечной продукции.