С 1996 года активно развивал направление формирования и использования информационных ресурсов государственного учета объектов культурного наследия, включая тематику сохранения историко-градостроительной среды, по которой в 2004 году была защищена кандидатская диссертация.

При участии Алексея Александровича в 2006-2007 годах впервые в Российской Федерации были введены в эксплуатацию городские автоматизированные информационные системы – Городской реестр недвижимого культурного наследия и Историко-культурный опорный план города Москвы.

С 2008 года Алексей Александрович организовал плановую разработку более 2500 предметов охраны объектов культурного наследия и их последующее утверждение, что позволило обеспечить предметами охраны все объекты, находящиеся в собственности города Москвы.

В период с 2009 по 2011 гг. инициировал разработку и утверждение в установленном порядке границ более 1500 территорий объектов культурного наследия, что впервые позволило утвердить территории всех объектов культурного наследия, расположенных в границах города Москвы.

С 2010 по 2013 гг. Алексей Емельянов обеспечивал проведение государственной историко-культурной экспертизы на более 1200 объектах, обладающих признаками объекта культурного наследия.

С 2011 года обеспечил принятие Правительством Москвы более 40 нормативных актов об установлении зон охраны, режимов использования земель и градостроительных регламентов в границах зон охраны объектов культурного наследия.

При личном участии Алексея Александровича обеспечено принятие решений Правительства Москвы о постановке под государственную охрану более 800 объектов культурного наследия регионального значения.

С 2011 года Алексей Емельянов является председателем рабочей группы Комиссии при Правительстве Москвы по рассмотрению вопросов осуществления градостроительной деятельности в границах достопримечательных мест и зон охраны объектов культурного наследия.

За время работы Комиссии приняты решения о включении в Реестр недвижимого культурного наследия 95 новых объектов культурного наследия, о сохранении ранее планировавшихся к сносу 196 строений, играющих важную роль в сохранении исторического облика города Москвы и об утверждении 41 проектов режимов использования земель и градостроительных регламентов.

27 июня 2015 г. назначен на должность руководителя Департамента культурного наследия города Москвы.

21 сентября 2018 г. назначен на должность руководителя Департамента культурного наследия города Москвы.

Присвоен классный чин действительный государственный советник города Москвы 2 класса.