С 1994 года по 1995 год — старший юрисконсульт и ведущий специалист юридического отдела Управления делами администрации Краснодарского края.

В 1995-2001 годах занимал должности заместителя, первого заместителя начальника правового управления администрации Краснодарского края, начальника отдела систематизации и правовой экспертизы нормативных правовых актов.

В 2001-2003 годах — заместитель руководителя аппарата, начальник правового управления администрации Краснодарского края.

В 2003-2007 годах — заместитель главы администрации (губернатора) Краснодарского края по вопросам имущественных, земельных и правовых отношений, руководитель департамента имущественных отношений Краснодарского края.

В 2007-2014 годах — заместитель главы администрации (губернатора) Краснодарского края, руководитель департамента имущественных отношений Краснодарского края.

С 2014 года по январь 2015 года — заместитель начальника Главного управления федерального имущества Управления делами президента Российской Федерации.

23 января 2015 года Кондратьев назначен на должность начальника Главного управления федерального имущества Управления делами президента Российской Федерации.

12 марта 2015 года назначен заместителем Управляющего делами президента РФ.

22 апреля 2015 года Вениамин Кондратьев назначен исполняющим обязанности губернатора Краснодарского края.