В 2002 году Малаков занял должность заместителя руководителя департамента Министерства Финансов России. С 2004 на протяжении восьми лет возглавлял управление, исполнял обязанности заместителя руководителя, работал заместителем руководителя Федеральной службы финансово-бюджетного надзора - Росфиннадзор, Сергея Павленко.

     С 13 сентября 2012 года Малаков Николай Алексеевич являлся заместителем министра культуры Российской Федерации Владимира Мединского. Координировал и контролировал деятельность Департамента экономики и финансов и Департамента контроля и кадров.

    В том же году возглавил «Ассоциацию выпускников Северного федерального университета имени Михаила Ломоносова». С 2013 года входил в состав Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений. В октябре 2015 года указом Президента России присвоен классный чин Действительного государственного советника РФ II класса.

     Премьер-министр Дмитрий Медведев распоряжением от 29 января 2019 года отправил в отставку заместителя министра культуры Николая Малакова в связи с выходом на пенсию.

     Приказом Министерства культуры России 25 февраля 2019 года Николай Алексеевич назначен генеральным директором Госфильмофонда Российской Федерации.