Родился в поселке Дангара Кулябской области Таджикской ССР.

Трудовую деятельность начал в 1969 году после окончания профессионально-технического училища № 40 города Калининабад (ныне — Сарбанд), в качестве мастера-электрика на маслозаводе в городе Курган‑Тюбе.

В 1971 - 1974 годах - проходил военную службу на Тихоокеанском флоте. После демобилизации поступил на работу в совхоз имени Ленина Дангаринского района.

В 1982 году - окончил заочное отделение экономического факультета Таджикского национального университета.

В 1976‑1987 годах - занимал должности секретаря правления и председателя профсоюзного комитета совхоза имени Ленина Дангаринского района. Затем работал в партийных органах.

С 1987 по 1992 год - являлся директором совхоза имени Ленина Дангаринского района.

В 1990 году - был избран народным депутатом Верховного Совета Республики Таджикистан XII созыва.

Осенью 1992 года - был избран председателем Исполнительного комитета Совета народных депутатов Кулябской области.

19 ноября 1992 года - избран председателем Верховного Совета Республики Таджикистан.

6 ноября 1994 года - был избран президентом Таджикистана в ходе всенародного голосования.

16 ноября 1994 года - был приведен к присяге.

В 1998 году - возглавил Народно‑демократическую партию Таджикистана.

6 ноября 1999 года - был переизбран на пост президента Таджикистана на семилетний срок.

В июне 2003 года - прошел очередной референдум по внесению изменений в конституцию Таджикистана, по итогам которого Эмомали Рахмон получил возможность еще дважды участвовать в президентских выборах. Также было удалено положение, ограничивающее возраст кандидата в президенты.

6 ноября 2006 года -выиграл очередные президентские выборы.

4 октября 2013 года - был выдвинут кандидатом на пост главы государства от правящей Народно-демократической партии.

6 ноября 2013 года - в Таджикистане состоялись очередные президентские выборы. За Эмомали Рахмона на них проголосовали более 83% избирателей.

Эмомали Рахмон является Героем Таджикистана (с 1999 года). В разные годы ему были также вручены алмазный орден «Звезда мецената» - высшая награда.