Родился в городе Глазов (Удмуртская АССР).

В 1978 году окончил Томский политехнический институт по специальности «инженер-механик», в 1992 — Академию народного хозяйства при Правительстве Российской Федерации по специальности «менеджер высшей категории».

В 1986 году был назначен главным инженером Томского завода измерительной аппаратуры, позже — генеральным директором завода.

В декабре 1999 возглавил Правительство Томской области.

С 2002 — председатель координационного совета по лесному хозяйству и лесопромышленному комплексу Межрегиональной ассоциации «Сибирское соглашение».

15 июня 2007 года Народный Хурал утвердил Наговицына в должности Президента, Председателя Правительства Республики Бурятия.

12 мая 2012 года Народный Хурал Республики Бурятия утвердил на посту Главы Республики Бурятия.

Женат. Имеет двоих сыновей, дочь и трёх внуков.