В 1992 г. поступил на физический факультет Московского государственного университета, обучение не окончил.

В 1991 г. - основал собственную компанию - АОЗТ «Русспрофи Лтд.», где занял пост генерального директора.

В 1995 г. объединил свою фирму с компанией International Networks Connections (INC), и занял позицию коммерческого, а затем исполнительного директора группы.

В 1998 г. - возглавил направление информационных технологий в области добычи компании ЮКОС.

С 2001 г. по 2002 г. — заместитель генерального директора IBS.

В 2002-2003 гг. - возглавлял Информационно-технологический Центр ЦК КПРФ.

С 2005 г. по 2007 г. — директор Центра новой политики Института проблем глобализации, заместитель директора института по развитию.

В 2007-2013 гг. - член партии «Справедливая Россия».

В декабре 2007 г. избран депутатом Государственной Думы пятого созыва.

В декабре 2011 г. — депутат Государственной Думы шестого созыва.

В июне 2016 года Дума лишила Пономарева депутатского мандата.