«Роснефть» и перешедшая под ее контроль «Башнефть» подали иск к АФК «Система». Его официально зарегистрировал Арбитражный суд Москвы. Компании требуют взыскать с «Системы» более 100 млрд рублей. Иск еще не принят к производству судом, а ответчик еще не получил соответствующих документов. Однако, как пояснил пресс-секретарь «Роснефти» Михаил Леонтьев, «суть иска в том, что в связи с манипуляциями, которые привели к обесцениванию «Башнефти», из компании были выведены деньги».

АФК «Система» управляла «Башнефтью» и рядом других предприятий башкирского ТЭКа до их национализации в 2014 году. Генеральный директор Фонда национальной энергетической безопасности Константин Симонов считает, что новые претензии к «Системе» выглядят необычно.

Константин Симонов генеральный директор Фонда национальной энергетической безопасности «Такое поведение «Роснефти» не является удивительным после того, как «Роснефть» получила «Башнефть», и сразу же Сечин заявил о том, что после проведения аудита «Башнефти», там найдены серьезные нарушения, активы какие-то выводились из компании. Стало понятно, что просто так Сечин от Евтушенкова не отстанет. Это, конечно, вызывает вопросы, потому что у Евтушенкова, как мы знаем, компанию забрали, обратили, что называется, в собственность государства, потом отдали государственной компании, которая теперь пытается еще и компенсировать свои затраты путем иска к бывшему владельцу. Серьезный вопрос, к чему такие схемы приведут. Тут еще есть деликатный момент. Он связан с тем, что вроде как Путин Евтушенкова простил. Он актив отдал — ему разрешили вернуться в бизнес без последствий. Мы знаем, что с него был снят домашний арест, потом он был на новогоднем кремлевском приеме. Такого рода агрессивные действия со стороны «Роснефти» воспринимаются как попытка нарушить некоторые правила игры».

В октябре 2016 года крупнейшая в России нефтяная компания «Роснефть» купила контрольный пакет акций «Башнефти» за 330 млрд рублей. Дивиденды, полученные АФК «Система» за время владения «Башнефтью», следственные органы оценивали в 190 млрд рублей и даже пытались предъявить претензии главе холдинга Владимиру Евтушенкову. Позднее уголовное дело было прекращено за отсутствием состава преступления.