Европейский суд по правам человека признал Россию нарушившей право акционеров компании ЮКОС на защиту своей собственности, однако компенсации акционерам, оценившим ущерб в 98 млрд долларов, не присуждено. В коммюнике суда говорится, чтло ЕСПЧ не готов принять решение в части компенсации вреда.

Суд счел, что дело ЮКОСа не было политически мотивированным.

Зафиксировано нарушение права на справедливое судебное разбирательство и отдельных норм налогообложения, касающихся подсчета и наложения взыскания.

Компания ЮКОС была создана в 1993 году указом правительства РФ. Председателем совета директоров и президентом компании был назначен Сергей Муравленко. В состав компании первоначально входили «Юганскнефтегаз», «КуйбышевнефтеОргСинтез» и восемь сбытовых предприятий.

В результате залоговых аукционов, проведенных в ходе приватизации компании, в 1995 году ЮКОС перешел из-под контроля государства под контроль группы «Менатеп» Михаила Ходорковского. В начале 2003 года начался процесс слияния ЮКОСа и «Сибнефти», которую тогда контролировал Роман Абрамович. Слияние не завершилось из-за начала судебного разбирательства.

В том же году Федеральная налоговая служба провела проверку компании на предмет уплаты налогов в 2000-2003 годах. После проверки на ЮКОС наложили крупнейшие в истории штрафы. Основанием для штрафов ФНС посчитала сделки по продаже нефти между ЮКОСом и несколькими организациями. Организации были зарегистрированы в регионах, где предоставлялись налоговые льготы. По утверждению ФНС, компании были созданы именно для применения налоговых льгот, а вся выгода от сделок принадлежала ЮКОСу.

В результате общая сумма налогов и штрафов за 2000-2003 годы составила 703 млрд рублей (с учетом штрафов, наложенных на «дочек» ЮКОСа), что значительно превышало выручку компании. Арбитражные суды всех инстанций признали правомерность требований ФНС, а счета и активы ЮКОСа были заморожены. Федеральная служба судебных приставов России (ФССП) предписала продать «Юганскнефтегаз» для возмещения долгов перед государством. Несмотря на запрет Хьюстонского суда по делам о банкротстве, ФССП в 2004 году принудительно продала «Юганскнефтегаз» с аукциона. Победителем стала фирма «Байкалфинансгрупп», зарегистрированная за две недели до аукциона в Твери по адресу, где находилась чайная. Через несколько дней «Байкалфинансгрупп» купила государственная «Роснефть».

Из-за огромных долгов в 2006 году ЮКОС признали банкротом, в 2007 году было вынесено постановление о ликвидации компании.

Налоговые претензии и банкротство нефтяной компании стали причиной разбирательства в Европейском суде по правам человека. Бывшие акционеры компании в качестве возмещения вреда потребовали 98 млрд долларов. Они полагают, что правительство России лишило их права собственности и права на справедливое судебное разбирательство. Налоговые претензии акционеры сочли выдвинутыми на недостаточном основании по принципу избирательности.

В 2003 году началось расследование против бывшего главы ЮКОСа Михаила Ходорковского, бывшего председателя совета директоров «Менатепа» Платона Лебедева и бывшего генерального директора АОЗТ «Волна» Андрея Крайнова. Они обвинялись в мошенничестве в особо крупном размере, причинении крупного имущественного ущерба, уклонении от уплаты налогов в особо крупном размере. Мещанский суд Москвы в 2005 году назначил Ходорковскому и Лебедеву наказание в виде лишения свободы на 9 лет каждому, Крайнову дали 5 лет условно. В сентябре того же года Мосгорсуд снизил сроки наказания до 8, 8 и 4,5 года соответственно.

Второй процесс в отношении Ходорковского и Лебедева начался в 2009 году. Их обвиняли в хищениях на сумму около 900 млрд рублей и отмывании денег. В декабре 2010 года Хамовнический суд Москвы признал обоих виновными. В связи с тем, что бывшие бизнесмены уже имели 8-летний срок лишения свободы, суммарно суд назначил им 14 лет тюрьмы. Впоследствии Мосгорсуд смягчил наказание на один год. Если бизнесмены не смогут добиться условно-досрочного освобождения, то Ходорковский и Лебедев выйдут на свободу только в 2016 году. Ранее Платону Лебедеву уже было отказано в УДО решениями Вельского городского и Архангельского областного судов.